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La FMEF, elle-même fédération et fédérateur, est membre des instances représentatives pour les Protestants Evangéliques au niveau européen, et notamment en France et en Suisse.

La FMEF est membre de :

CNEF

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dont la FMEF est l'animatrice du département Mission

EEMA

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L'EEMA regroupe les fédérations d'oeuvres missionnaires des pays européens

RES

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dont la FMEF est la commission Mission